多肽（peptides）作为连接蛋白质功能与生命活动的关键中介，在疾病标志物发现、免疫治疗靶点筛选、天然产物研究等领域发挥着日益重要的作用。多肽测序技术是指用于确定多肽分子中氨基酸排列顺序的一类分析方法。多肽由20种标准氨基酸通过肽键连接形成，序列的不同决定了其生物学功能、稳定性以及与靶标的结合能力。在基础研究、药物开发和临床诊断中，了解多肽的准确序列是解析其功能机制、发现新型活性分子及设计合成肽类药物的前提。然而，多肽测序技术众多，性能各异，如何选择最适合自己研究目标的技术，多肽测序技术优缺点进行全解析，深入理解不同测序技术的适用场景与局限性，才能做出最符合研究目标的决策。

一、主流多肽测序技术全解析

1、质谱（Mass Spectrometry, MS）测序

技术原理：通过酶解肽段的质量/电荷比（m/z）和碎片离子信息反推其氨基酸序列。可采用数据库搜索或de novo算法解析

优点：

（1）高灵敏度：可检测低丰度甚至痕量多肽

（2）高通量：适合复杂混合样品，一次可测数千肽段

（3）可识别翻译后修饰（PTMs），如磷酸化、乙酰化等

（4）与蛋白质组学高度兼容，便于整合分析

缺点：

（1）序列重建依赖数据库匹配，de novo能力虽在提升，但仍具挑战

（2）对样本前处理和仪器参数优化要求高

（3）对环肽、异构肽的解析存在一定局限

适用场景：天然产物肽段鉴定、功能肽筛选、翻译后修饰分析、新抗原预测

2、Edman降解法

技术原理：利用PITC化学试剂逐步切除并鉴定N端氨基酸残基，逐步确定序列

优点：

（1）不依赖数据库，真正的de novo测序

（2）序列识别精度高，适合纯化肽段结构确认

缺点：

（1）通量低，仅适用于单一肽段

（2）无法识别修饰残基（如PTMs）

（3）对样本纯度要求极高

适用场景：标准品验证、结构确证、小分子肽段验证

3、转录组结合预测法（RNA-seq + Ribosome Profiling）

技术原理：通过测序mRNA或翻译位点，预测可能的短肽翻译产物

优点：

（1）可发现非典型翻译产物，如非编码区翻译的微肽

（2）在缺乏蛋白质组数据时提供线索来源

缺点：

（1）预测结果不等于肽段表达，需质谱确认

（2）翻译起始位点预测仍存在偏差

适用场景：新抗原发现、非编码肽探索、新型肽段来源挖掘

二、如何选择最合适的测序策略？

1、根据研究目标决策：

2、根据样本类型决策：

（1）复杂样本（如天然产物、混合发酵液）：优选质谱

（2）高纯度标准肽段：适合Edman降解

（3）具备转录组数据的细胞/组织：可尝试Ribo-seq路径

三、趋势：技术整合是未来主流

现代多肽测序已不仅依赖单一手段，而是趋向于多技术整合：

• MS + RNA-seq联合验证非编码翻译肽
• de novo + AI算法提升未知肽段识别率
• LC-MS结合修饰组学解析功能肽活性机制

在百泰派克生物科技，我们基于高分辨率Orbitrap平台，结合自主开发的反卷积算法与de novo测序流程，为科研客户提供高准确度、高覆盖率的多肽测序数据。尤其适用于环肽、抗菌肽等复杂结构肽段的解析。百泰派克生物科技支持从样本准备、分离纯化到质谱分析、数据解读的全流程服务，帮助客户精准解析复杂样本中的功能多肽。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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